一是权限上
综合实践活动课是国家规定的必修课程，校本课程则是学校自主开发设计的课程。
二是从设计上来讲
综合实践活动课是达到国家规定基本教育目标的课程，特别强调学生基本学习能力的培养，校本课程也考虑学生的个性发展，但更考虑学校办学理念和学校特色；
三是设计过程上不一样
综合实践活动课是根据国情来设计的，校本课程是学校层面根据学校办学理念与学校实际开发与设计的。
在实施上，综合实践活动课依赖于学校开发，也依赖于地方管理。
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