法律分析：公司发生股权纠纷时，不能申请公司停业。公司只是发生股权纠纷的，不会影响公司的正常经营，公司不能因股权发生纠纷而申请停业，只有实行定期定额征收方式的个体工商户和个人独资企业才能申请办理停业，还应当向税务机关申报办理停业登记，否则不可以申请停业。因此公司因股权发生纠纷后，不能申请公司停业，同时也不符合办理停业的条件，税务机关不会为当事人办理停业登记。
法律依据：《税务登记管理办法》
第二十一条 实行定期定额征收方式的个体工商户需要停业的，应当在停业前向税务机关申报办理停业登记。纳税人的停业期限不得超过一年。