法律分析：被告人在刑事案件中申请认罪认罚，只涉及到刑事责任的认定和量刑，而不影响民事赔偿责任的认定。即使被告人已经接受了刑事制裁，其在侵权行为中所造成的损害仍需承担民事赔偿责任。
法律依据：
1.《中华人民共和国民法典》第四百零七条规定：“侵害他人民事权益的行为，侵权人应当承担侵权责任。”
2.《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条规定：“犯罪嫌疑人或者被告人对自己的犯罪行为供认不讳，有自首情节，可以从轻或者减轻处罚。”
3.《中华人民共和国刑法》第六十三条规定：“依照本法追诉的犯罪行为，被判处刑事责任的，犯罪所造成的损失应当由犯罪人承担赔偿责任。”
综上所述，被告人在刑事案件中申请认罪认罚，不会影响其民事赔偿责任的认定和承担。