如果员工在工作岗位上突发疾病死亡，应当按照公亡待遇处理。应当按照属于工伤认定。按照法律规定，应当从工伤保险基金领取丧葬费补助金、供养亲属抚恤金和一次性公亡补助金。
法律依据：
《工伤保险条例》
第十五条 职工有下列情形之一的，视同工伤：在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的；
第三十九条 职工因工死亡，其近亲属按照下列规定从工伤保险基金领取丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金：丧葬补助金为6个月的统筹地区上年度职工月平均工资；
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