法律分析：瑕疵证据是指在证据收集、保管、处理或呈现过程中出现的问题，可能导致证据的真实性、客观性、完整性等方面存在问题。在刑事诉讼中，若被告人认为掌握的证据存在瑕疵，可通过辩护律师提出排除证据、质证证据等方式，保障自身合法权益。
法律依据：
1.《刑事诉讼法》第六十三条规定：被告人和辩护人有权对指控他的罪名提出抗辩，包括质证证人和鉴定人、提出物证和书证、对指控事实提出异议、说明反驳理由等。
2.《刑事诉讼法》第七十七条规定：法庭应当排除非法证据和无关证据，对有争议的证据应当进行严格审查。
3.《刑事诉讼法》第八十八条规定：被告人和辩护人对指控事实提出异议的，应当由公诉机关或者辩护人负责举证，当庭可以质证相关证人或者鉴定人，并可以提请勘验或者鉴定。
以上是刑事辩护律师对瑕疵证据的处理方式相关法律分析和法律依据。辩护律师应当根据具体案件情况，采取合适的辩护策略，通过质证、排除证据等方式，有效保护被告人的合法权益。