斑马鱼原本的颜色是深蓝色底色，带有金色或银色的条纹，顺着身体纵向均匀分布，其中雌性一般是银色条纹，而雄性则大多是金色条纹，因此也被称为“蓝条鱼”，但是后来被人工饲养之后，就培育出了底色为红色、黄色、绿色、粉红色、银色等各种颜色。还有一些同科不同属的斑马鱼，纹路也是不同的，有点状的珍珠斑马鱼，还有豹纹斑马鱼等。
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