公司拖欠工资怀孕补偿，劳动行政部门可责令支付劳动报酬，逾期不支付按应付金额50%以上1倍以下支付赔偿金。员工辞职后可申请劳动仲裁追回被拖欠的工资，但需注意仲裁时效，一年内申请。需提供证明存在劳动关系的材料和证明公司拖欠工资的证据，最好书面确定。
法律分析
一、公司拖欠工资怀孕如何补偿
拖欠怀孕女职工工资的，劳动行政部门可以责令用人单位限期支付劳动报酬，逾期不支付的，按应付金额50%以上1倍以下的标准支付赔偿金。
《中华人民共和国劳动法》
第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
《劳动保障监察条例》
第二十六条用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿;逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的;
(二)支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的;
(三)解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。
二、辞职后怎么追回被拖欠的工资
按规定，员工被拖欠工资，即使已经辞职，可以申请劳动仲裁讨回被拖欠的工资。
不过，员工跟公司终止劳动关系后，需要注意仲裁时效，具体是从终止之日起一年申请仲裁。
申请劳动仲裁时，员工要收集整理以下的证据材料：
1、证明存在劳动关系
(1)招聘简章、记录以及劳动合同;
(2)员工名册、考勤记录;
(3)上岗证、工作证(牌)、出入证、饭票、加班记录、押金收据、同事证言等。
通过以上的证据，即可以证明跟公司之前存在劳动关系。
2、证明公司拖欠工资
(1)工资欠条;
(2)公司银行卡转账记录等。
注意，证明公司存在拖欠工资的事实，最好能以书面形式确定，口头约定一般难以证明。
结语
合理维护劳动者权益，是保障社会和谐发展的重要一环。根据《中华人民共和国劳动法》和《劳动保障监察条例》规定，对于拖欠工资的情况，劳动行政部门有权要求用人单位限期支付工资报酬，并可根据金额数额，要求支付相应的赔偿金。即使员工已经辞职，也可以通过劳动仲裁申请追回被拖欠的工资。在申请劳动仲裁时，员工需准备相关证据材料，如劳动合同、考勤记录、工资欠条等，以确保能够证明劳动关系和拖欠工资的事实。维护自身权益的同时，也为社会法治建设贡献一份力量。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第二十五条 【违约金】除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十五条 【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。