linu 下Gaussian安装与运行

一：Linux版高斯03的安装方法

安装g03有以下几步：例如我要安装到/home/xiaoyuan下

用如下命令解压tar -zxvf filename

2、解压得到g03文件夹后，cd进入g03文件然后进入其bsd文件夹，运行./install

3、修改你用户路径下的.bashrc文件，比如你的用户名为xiaoyuan，则

vi /home/xiaoyuan/.bashrc

在最后的test -s ~/.alias && . ~/.alias || true下面添加以下几行：

g03root=/home/xiaoyuan/Gaussian

GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/scratch

export g03root GAUSS_SCRDIR

. $g03root/g03/bsd/g03.profile

其中第一行为高斯安装目录，第二行为高斯临时文件夹目录。

4、保存修改（按Esc建回到一般模式(左下角插入标志消失)，然后打入:wq回车进行保存）退出.bashrc。

然后运行source /home/xiaoyuan/.bashrc 如不提示错误就好了。

注：若要在进去bashrc修改，则按下Esc,然后按A键 就可以编辑了.

5. 在/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/下建立scratch文件夹。

6.可以放个小分子的ch4.gjf文件到scratch里面，然后cd到scratch这个目录，运行命令g03 ch4.gjf& 运行，正常运行说明安装成功

二：

下面是我用的，你把你的改成相应的路径。

1）建立一个gauss.sh文件如下。

#! /bin/sh

g03root=/cluster3/gaussian

GAUSS_SCRDIR=.

export g03root GAUSS_SCRDIR

#LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/cluster3/gaussian/g03

if [ -z \"${LD_LIBRARY_PATH}\" ]

then

LD_LIBRARY_PATH=\"/cluster3/gaussian/g03\"; export LD_LIBRARY_PATH

else

LD_LIBRARY_PATH=\"/cluster3/gaussian/g03:${LD_LIBRARY_PATH}\"; export LD_LIBRARY_PATH

fi

source $g03root/g03/bsd/g03.profil

2）

然后在~/.bash_profile文件中source 这个文件

source gauss.sh

三：

2 编辑.bashrc文件。

用一个文本编辑器打开你的home下的.bashrc 文件，ubuntu下的vi ，不好用，新手不推荐用，我有一个.vimrc文件，如果你不知道怎么对这个文件修改，可以直接用我的附件里的.vimrc覆盖你home下的文件，你的 vi 会非常好用，言归正传，在你的.bashrc 文件最后加上这么几行

##################################################################

# for Gaussian.03.C02

G03ROOT=/home/userid/g03

GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT

GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03

LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH

PATH=$G03ROOT/:$PATH

export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

##################################################################

带下划线加粗的地方要根据自己情况修改。

3 重启bash，当然不需要让你的机器重启。输入bash，或是再打开一个窗口就可以了。

4 win 下生成的*.gjf 文件因为格式问题不能直接使用，需要用dos2unix这个小工具转一下: dos2unix *.gjf

5 运行g03 有两种方式。

a) g03 foo.gjf，会生成一个foo.log文件

b) g03 < foo.gjf，会把输出放到屏幕上，可以用输出重定向。g03 < foo.gjf > foo.log

有地方说linux 下g03 的输入文件后缀名为.com，没有不要，linux下文件不区分后缀名。

6 有时会有这样的问题，开机后/tmp/userid/g03文件夹消失了，需要手工建一个才能用。

7 有一个脚本很简单可是功能很大,可以实现批处理

#!/bin/bash

for i in *.gjf

do

g03 < ${i} > ${i}.log

done

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linux 下如何终止GAUSSIAN03 的运行

首先找到GAUSSIAN03进程的PID，使用命令

ps aux | grep GAUSSIAN03

然后使用命令杀死进程

kill -9 PID #PID为GAUSSIAN03的进程序号

如果有许多子进程，使用

killall -9 PID